DVX, la formación original de Cypress Hill, se formó en 1986 cuando los hermanos de origen cubano Sen Dog (cuyo nombre real es Senen Reyes, nacido el 20 de noviembre de 1965) y Mellow Man Ace se unieron a sus compañeros de Los Ángeles Muggs (cuyo nombre real es Lawrence Muggerud, nacido el 28 de enero de 1968) y B Real (cuyo nombre real es Louis Freese, nacido el 2 de junio de 1970). El grupo comenzó a ser pionero en la fusión de la jerga latina y del hip-hop, desarrollando su propio estilo para cuando Mellow Man Ace dejó el grupo en 1988. Tras cambiar su nombre a Cypress Hill, en honor a una calle local, el grupo siguió presentando shows en Los Ángeles, hasta que finalmente firmó con Ruffhouse/Columbia en 1991.

Cypress Hill es originario de South Gate, California. Cypress Hill fue el primer grupo latino en tener álbumes de platino y multiplatino, y uno de los primeros grupos de rap en ganarse el apoyo de los fans del hard rock y el metal.

Su primer álbum, homónimo, Cypress Hill, salió a la venta en agosto de 1991. El sencillo principal fue «Phuncky Feel One», pero fue la cara B, «How I Could Just Kill a Man» (anteriormente «Trigga Happy Nigga»), la que recibió más difusión en las emisoras urbanas y universitarias.

Gracias al éxito del sencillo y de otras canciones, como el tema bilingüe «Latin Lingo» y el tema en español para adultos «Tres Equis», el álbum vendió dos millones de copias solo en Estados Unidos. Posteriormente, DJ Muggs produjo el primer álbum de House of Pain y luego trabajó en otros proyectos como Funkdoobiest. La banda hizo su primera aparición en Lollapalooza en el escenario secundario en 1992.

Black Sunday, el segundo álbum del grupo, debutó en el número uno de la lista Billboard 200 en 1993, registrando el mayor número de ventas según Soundscan para un grupo de rap hasta ese momento. Además, con su álbum debut aún en las listas, se convirtieron en los primeros artistas de rap en tener dos álbumes entre los 10 primeros del Billboard 200 al mismo tiempo. Con «Insane in the Brain» convirtiéndose en un éxito crossover, el álbum alcanzó el triple platino en EE. UU. y vendió alrededor de 3.25 millones de copias.

A Cypress Hill se le prohibió aparecer en Saturday Night Live después de que Muggs fumara cannabis al aire y la banda destrozara sus instrumentos mientras tocaba su segundo sencillo, «I Ain’t Goin’ Out Like That». La banda encabezó la gira «Soul Assassins» con House of Pain y Funkdoobiest como teloneros, y luego se presentó en una gira universitaria con Rage Against the Machine y Seven Year Bitch. En 1993, Cypress Hill también contribuyó con dos temas a la banda sonora de Judgment Night, junto a Pearl Jam y Sonic Youth.

La banda tocó en el Festival de Woodstock de 1994, presentando a su nuevo miembro, Eric Bobo, expercusionista de los Beastie Boys. Bobo es hijo del músico de salsa Willie Bobo. La revista Rolling Stone nombró a la banda como el mejor grupo de rap en sus premios musicales, votados por críticos y lectores. Cypress Hill tocó en Lollapalooza durante dos años consecutivos, encabezando el cartel en 1995. Aparecieron en el episodio de Los Simpson titulado «Homerpalooza».

Su tercer álbum, Cypress Hill III: Temples of Boom, salió a la venta en 1995, vendió 1.5 millones de copias y alcanzó el puesto número 3 en la lista Billboard 200 gracias al éxito del sencillo «Throw Your Set in the Air». Cypress Hill también contribuyó con la canción «I Wanna Get High» al álbum Hempilation, patrocinado por High Times, para apoyar a NORML.

Sen Dog se tomó un descanso de la banda para formar SX-10, un grupo de punk-rap con sede en Los Ángeles. Mientras tanto, en 1996, Cypress Hill participó en la primera gira «Smokin’ Grooves», en la que también se presentaron Ziggy Marley, The Fugees, Busta Rhymes y A Tribe Called Quest. La banda también lanzó un EP de nueve canciones, Unreleased and Revamped, con mezclas poco comunes. En 1997, los miembros de la banda se enfocaron en sus carreras solistas. Muggs lanzó Muggs Presents … the Soul Assassins, con colaboraciones de miembros del Wu-Tang Clan, Dr. Dre, KRS-One, Wyclef Jean y Mobb Deep. B-Real colaboró con Busta Rhymes, Coolio, LL Cool J y Method Man en «Hit Em High», de la banda sonora multiplatino de Space Jam. También colaboró con RBX, Nas y KRS-One en «East Coast Killer, West Coast Killer», del álbum Dr. Dre Presents the Aftermath de Dr. Dre, y lanzó un álbum titulado The Psycho Realm de su proyecto paralelo del mismo nombre. Aunque ese año la atención no se centró en Cypress Hill, la banda tocó en el festival Smokin’ Grooves junto a George Clinton y Erykah Badu.

Cypress Hill lanzó IV en 1998, que alcanzó disco de oro en EE. UU., a pesar de que las críticas fueron algo negativas, gracias al éxito de los sencillos «Tequila Sunrise» y otro tributo al consumo de cannabis, «Dr. Greenthumb». Sen Dog también lanzó el recopilatorio Get Wood como parte de SX-10 en el sello Flip. En 1999, Cypress Hill colaboró con el videojuego para PC de temática criminal y contenido para adultos Kingpin: Life of Crime. Tres de sus canciones del álbum IV de 1998 aparecieron en el juego («16 Men Till There’s No Men Left», «Checkmate» y «Lightning Strikes»). B-Real también prestó su voz a algunos de los personajes del juego. También en 1999, la banda lanzó un álbum de grandes éxitos en español, Los grandes éxitos en español. Cypress Hill fusionó luego géneros con su lanzamiento de dos discos, Skull & Bones, en 2000. El primer disco, «Skull», estaba compuesto por temas de rap, mientras que «Bones» exploraba más a fondo las incursiones del grupo en el rock. El álbum alcanzó el Top 5 en el Billboard 200 y el puesto número 3 en Canadá. El primer sencillo fue «Rock Superstar» para las emisoras de rock y «Rap Superstar» para las emisoras urbanas. La banda también lanzó Live at the Fillmore, un disco en vivo grabado en el Fillmore (en San Francisco) en 2000. Cypress Hill continuó su experimentación con el rock en el álbum Stoned Raiders en 2001. Sin embargo, sus ventas fueron decepcionantes, ya que el disco ni siquiera llegó al Top 50 de las listas de álbumes de EE. UU. En 2001, el grupo apareció en la película How High.

Cypress Hill grabó «Just Another Victim» para la World Wrestling Entertainment (WWE) como tema musical de Tazz. En ese momento, la WWE utilizaba música original para casi todos los luchadores, por lo que este fue un paso inusual para la empresa, pero sigue siendo una de las canciones más memorables que han surgido de la organización de lucha libre. La banda lanzó Till Death Do Us Part el 23 de marzo de 2004. En este álbum, la banda experimentó con el reggae, especialmente en el sencillo principal «What’s Your Number». La canción cuenta con la participación de Tim Armstrong, de Rancid, en la guitarra, y de Rob Aston, de The Transplants, en los coros. Está basada en la clásica canción «Guns of Brixton» del álbum London Calling de The Clash y ha demostrado ser un éxito en las listas de rock moderno. Sin embargo, el álbum representó un alejamiento aún mayor del sonido característico de sus primeros cuatro álbumes. El álbum también cuenta con la participación de Damian Marley, hijo de Bob Marley; Prodigy y Twin, de Mobb Deep; y el productor The Alchemist.

En 2004, la canción «How I Could Just Kill A Man» se incluyó en el popular videojuego Grand Theft Auto: San Andreas, creado por Rockstar Games, y se transmitía en la estación de radio de hip hop de la Costa Oeste, Radio Los Santos. En diciembre de 2005 se lanzó un álbum recopilatorio titulado Greatest Hits From the Bong, que incluía nueve éxitos de álbumes anteriores y dos temas nuevos. El próximo álbum del grupo estaba programado provisionalmente para principios de 2007.

En el verano de 2006, B-Real colaboró en el sencillo «Vato» de Snoop Dogg. Pharrell Williams produjo la canción y, en un principio, cantó el estribillo, pero debido a la idea del video, se le pidió a B-Real que lo interpretara. Sen Dog se encuentra actualmente de gira con los Kottonmouth Kings, Kingspade y Dogboy on the Joint en la gira «Joint is on Fire».

En 2007, Cypress Hill realizó una gira con su formación completa como parte de la gira «Rock the Bells», organizada por Guerilla Union, y fue cabeza de cartel junto a Public Enemy, Wu-Tang Clan, Nas y una versión reunida de Rage Against the Machine. Otros artistas que participaron fueron Immortal Technique, Mos Def, Talib Kweli, The Roots, EPMD, Pharoae Monch, Jedi Mind Tricks, Erykah Badu, MF Doom, Sage Francis, Brother Ali, The Coup, Blue Print, Lucky I Am, Living Legends, Felt, Cage, Mr. Lif, Grouch & Eligh y Hangar 18.

Tras cumplir con sus obligaciones contractuales con Sony Music, Cypress Hill lanzará un álbum aún sin título a través de un sello discográfico diferente en 2008.

Se anunció que Cypress Hill formará parte del Kannabis Kartel junto con los Kottonmouth Kings y Potluck. Su álbum se lanzará con Suburban Noize Records.

El 25 de julio de 2008, Cypress Hill se presentó en un concierto benéfico en el House of Blues de Chicago, donde la mayor parte de las ganancias se destinó a la Chicago Alliance to End Homelessness.

En agosto de 2009, se lanzó en iTunes una nueva canción de Cypress Hill titulada «Get 'Em Up». La canción aparece en el videojuego Madden NFL 2010.

En noviembre de 2009, se lanzó una nueva versión del clásico de Guns N' Roses «Paradise City», interpretada por Cypress Hill, Slash y Fergie, como pista extra del sencillo «Sahara» de Slash, incluido en su álbum solista Slash.

El octavo álbum de estudio de Cypress Hill, Rise Up, cuenta con colaboraciones de Everlast, Tom Morello, Daron Malakian, Pitbull, Marc Anthony y Mike Shinoda. El álbum fue lanzado por Priority Records/EMI Entertainment, ya que el grupo firmó con el sello gracias al nuevo presidente creativo, Snoop Dogg, el 15 de enero de 2010. El álbum salió a la venta el 20 de abril de 2010. El primer sencillo del álbum, «It Ain’t Nothin’», se lanzó como descarga gratuita desde el sitio web oficial del grupo. La canción «Rise Up» se utilizó en el evento de pago por visión de la WWE, Elimination Chamber, como tema oficial de dicho evento, y se lanzó como tercer sencillo del álbum, siendo «Armada Latina» el cuarto. La canción también apareció en el tráiler de la película The Green Hornet.

Cypress Hill inició su gira «Rise Up» en Filadelfia el 10 de abril de 2010. Julio G había sustituido a DJ Muggs para la gira. Muggs se había ausentado debido a que estaba trabajando en varios otros proyectos, entre ellos álbumes independientes con B-Real y Sen Dog. El grupo tenía previsto hacer una parada en Tucson, Arizona, pero canceló el show en protesta por la reciente legislación migratoria. En el festival Rock en Seine de París, el 27 de agosto de 2010, declararon en una entrevista que esperarían a ver qué sucedía con la legislación antes de regresar allí. Cypress Hill se presentó en los festivales de Reading y Leeds en 2010, el 28 de agosto en Leeds y el 29 de agosto en Reading.

El 5 de junio de 2012, Cypress Hill y el artista de dubstep Rusko lanzaron un EP colaborativo titulado Cypress X Rusko. También en 2012, Cypress Hill colaboró con Deadmau5 en su sexto álbum de estudio, Album Title Goes Here, aportando voces en «Failbait».

El Smokeout Music Festival es un evento anual de un solo día en el sur de California, que se celebra en San Bernardino, California. El festival fue fundado y sigue siendo organizado por los miembros del grupo de hip hop Cypress Hill (Senen Reyes, alias Sen Dog; Lawrence Muggerud, alias DJ Muggs; y Louis Freese, alias B-Real). El concierto cuenta con una variedad de géneros musicales, que incluyen, entre otros, hip hop, música electrónica de baile, dubstep y metalcore. El Smokeout apoya el consumo de cannabis y está dirigido especialmente a pacientes que consumen marihuana medicinal. El primer Smokeout se llevó a cabo en 1998, y el más reciente fue el 3 de marzo de 2012. El Smokeout 2012 se realizó en el centro de eventos NOS (National Orange Show) y atrajo a una multitud de más de 20 000 personas. El 4 de agosto de 2013, dieron el último concierto de la gira en The Joint, en el Hard Rock Hotel and Casino de Las Vegas, Nevada.

Su siguiente álbum, el décimo, Back in Black, salió a la venta en 2022; descrito como un «regreso a sus raíces», fue un «tema» de hip-hop puro, sin rastro de rock, que contó con la colaboración de Demrick y Dizzy Wright.

El 10 de julio de 2024, el grupo se unió a la Orquesta Sinfónica de Londres en el Royal Albert Hall para un evento único en la vida en el que interpretaron su obra seminal de una manera inesperada. Black Sunday Live at the Royal Albert Hall se lanzó posteriormente como álbum en vivo y video del concierto en 2025. Profundizando en sus raíces latinas, Cypress Hill lanzó Dios Bendiga en julio de 2026 como su primer álbum en español. El álbum, cuyo título significa «Dios bendiga», contó con la participación de Alemán, Trueno, Sick Jacken, Coyote, La Santa Grifa y Mellow Man Ace.