Cynthia Ann Stephanie Lauper nació en Astoria, Nueva York, el 22 de junio de 1953. Pasó sus primeros años de infancia en Brooklyn, pero cuando tenía unos 4 años, la familia se mudó a Ozone Park, Queens, donde vivió en un apartamento tipo "vagón de tren" durante su adolescencia. Mientras crecía, Lauper se sentía como una marginada. Sus padres se divorciaron cuando ella tenía cinco años. Lauper y sus dos hermanos fueron criados por su madre, quien trabajaba como camarera para mantener a la familia, y que amaba el arte y a menudo llevaba a sus hijos a Manhattan para ver obras de Shakespeare o visitar museos de arte. A Lauper no le iba particularmente bien en la escuela y, según se informa, fue expulsada de varias escuelas parroquiales en su juventud. A pesar de los tiempos difíciles, descubrió su amor por el canto y la música a una edad temprana y ya escribía sus propias canciones a los 12 años.
Después de obtener finalmente un título de equivalencia de secundaria, Lauper trabajó en varios empleos extraños antes de que su carrera musical despegara. Fue camarera, asistente de oficina e incluso cantó en un restaurante japonés por un tiempo. Durante este periodo, Lauper también tocó en varias bandas. Tuvo su primer éxito con la banda Blue Angel, que consiguió un contrato discográfico. El grupo grabó un disco juntos antes de separarse.
Al comenzar su carrera en solitario, Lauper irrumpió en las listas de éxitos con su álbum debut, She's So Unusual. Lauper sorprendió al mundo de la música con su ropa ecléctica, su cabello peinado de manera extravagante y sus contagiosas melodías pop. La grabación de 1983 vendió más de 6 millones de copias solo en EE.UU. (16 millones en todo el mundo) y presentó su primer éxito, "Girls Just Want to Have Fun".

La canción se convirtió en un himno de fiesta femenino, y el video musical tuvo una gran rotación en MTV. Lauper se hizo increíblemente popular casi de la noche a la mañana, consiguiendo una serie de éxitos que incluían "Time After Time", "She Bop" y "All Through the Night". Fue aún más recompensada por su trabajo cuando ganó el Premio Grammy de 1984 a la Mejor Artista Revelación. En 1985, lanzó "The Goonies 'R' Good Enough" para la banda sonora de la película Los Goonies.
Su siguiente álbum de 1986, True Colors, vendió casi dos millones de copias en EE.UU. y siete millones en todo el mundo. Explorando nuevas vías creativas, Lauper hizo su debut cinematográfico en 1988, protagonizando la comedia Vibes junto a Jeff Goldblum. La película tuvo un bajo rendimiento tanto comercial como crítico. En 1989, Lauper lanzó su tercer álbum, A Night to Remember, que incluía el éxito "I Drove All Night" pero tuvo ventas generales débiles en comparación con sus álbumes anteriores.

Lauper tuvo éxito como actriz en un papel recurrente en la comedia de televisión Mad About You, protagonizada por Helen Hunt y Paul Reiser. En 1995, Lauper ganó un Emmy por su trabajo en la serie. Más tarde, apareció en programas como That’s So Raven y Bones.

Mientras exploraba la actuación, Lauper continuó haciendo música. Aunque Hatful of Stars (1993) no fue un éxito comercial, fue un logro artístico para Lauper. La crítica elogió ampliamente el álbum por canciones que abordaban temas complejos como el abuso doméstico y la homofobia. Twelve Deadly Cyns, una recopilación de sus éxitos, se lanzó en 1995. En 1997, Lauper recibió elogios de la crítica por Sisters of Avalon, que incluía música completamente nueva, y le siguió un álbum navideño, Merry Christmas... Have a Nice Life! (1998).

Lauper no lanzó nueva música hasta At Last (2003), una colección de estándares pop. Su álbum de 2008, Bring Ya to the Brink, presentó pistas de baile, incluida la canción nominada al Grammy "High and Mighty". Su álbum, Memphis Blues (2010), presentaba su versión de varias canciones clásicas de blues y se convirtió en el álbum de blues más vendido de Billboard ese año.
En 2012, el ícono del pop escribió su autobiografía, Cyndi Lauper: A Memoir. Al año siguiente, llevó su talento a Broadway, escribiendo la música y las letras para Kinky Boots con un guion de Harvey Fierstein. Kinky Boots ganó seis premios Tony, incluyendo Mejor Musical, Mejor Actor Principal y Mejor Partitura Original. Lauper es la primera mujer solista en ganar en la categoría de mejor musical. Dirigida y coreografiada por el ganador del premio Tony, Jerry Mitchell, la producción se centra en la vida de Charlie Price, quien, después de heredar la fábrica de zapatos casi en bancarrota de su padre, descubre al hombre que está destinado a ser con la ayuda de una artista llamada Lola.
En 2013, Lauper celebró el 30 aniversario del álbum que lanzó su carrera, She’s So Unusual, con una gira. En 2016, lanzó Detour, un álbum de música country que incluía duetos con Willie Nelson, Emmylou Harris, Vince Gill, Jewel y Alison Krauss.
En junio de 2024, Lauper anunció que se embarcaría en su última gira por estadios, el Girls Just Wanna Have Fun Farewell Tour, haciendo referencia a su famosa canción de 1983. Ese mismo mes, un documental sobre su carrera y activismo social llamado Let the Canary Sing debutó en el servicio de streaming Paramount+.
En abril de 2025, se anunció que Lauper sería incluida en el Salón de la Fama del Rock and Roll. Será honrada formalmente en la ceremonia de inducción en noviembre.