A finales de la década de 1990, Alien Ant Farm lanzó su álbum debut underground, titulado Greatest Hits. Este álbum ganó el premio al Mejor Álbum Independiente en los L.A. Music Awards.

En el año 2000, tras entablar amistad con la banda de rock alternativo Papa Roach, Alien Ant Farm firmó con DreamWorks SKG para grabar su primer álbum de estudio, ANThology.

En 2001, su versión de la canción de Michael Jackson, «Smooth Criminal», fue número uno en Australia y Nueva Zelanda, número tres en el Reino Unido y número uno en las listas de rock moderno de EE. UU. El video musical incluye numerosos homenajes a Michael Jackson y a sus videos. La canción apareció en la banda sonora de la primera temporada de WWE Tough Enough y en la película American Pie 2. Su siguiente sencillo, «Movies», fue un éxito que llegó al Top 5 en el Reino Unido y al Top 20 en Nueva Zelanda. La banda comenzó una gira para promocionar estos dos sencillos y su álbum, que más tarde alcanzó el disco de platino.

En la primavera de 2002, la banda contribuyó con «Bug Bytes» a la primera banda sonora de Spider-Man. En mayo de 2002, la banda sufrió un accidente de autobús mientras estaba de gira en España. El conductor, Christopher Holland, de 26 años, falleció, y el vocalista Dryden Mitchell sufrió una fractura en la vértebra C2.

Alien Ant Farm regresó pronto al estudio para trabajar en su siguiente álbum, truANT, que se lanzó en 2003 y fue producido por Robert y Dean DeLeo, de Stone Temple Pilots. El video de «These Days», el primer sencillo del álbum, se filmó en la azotea de un edificio cercano durante la alfombra roja de los Premios BET de 2003. «Glow» fue un éxito en las radios comerciales, logrando mantenerse por mucho tiempo entre los 20 primeros lugares en Nueva Zelanda. Sin embargo, dos meses después del lanzamiento de este álbum, su discográfica cerró sus puertas.

En octubre de 2003, el guitarrista Terry Corso se separó de la banda alegando «diferencias irreconciliables». Poco después, se unió a Powerman 5000 por un tiempo. Víctor Camacho (un viejo amigo de la banda y guitarrista) se unió de inmediato a la banda y completó el resto de la gira de Truant hasta que la banda regresó a casa. Joe Hill fue nombrado el nuevo guitarrista en 2005 (anteriormente en Spiderworks).

En 2004, la banda grabó la canción «Dark in Here» para el videojuego Punisher. Desafortunadamente, la banda se vio obligada a esperar a que Geffen les permitiera grabar otro álbum (después de que Universal Music comprara DreamWorks y asignara a la banda a su sello Geffen Records).

En 2005, la banda grabó con el productor Jim Wirt (quien había grabado su primer lanzamiento independiente, «Greatest Hits») y planeaba lanzar el álbum durante ese verano. Sin embargo, Geffen archivó el álbum y, posteriormente, le negó a la banda el derecho a lanzarlo por su cuenta. La banda se fue de gira y puso a disposición de todos sus fans copias piratas del material del álbum. Este lanzamiento no oficial fue bautizado como «3rd Draft» por los fans.

Su canción «Wish» apareció en el videojuego Tony Hawk’s Pro Skater 3. En 2004, la canción «These Days» de la banda se incluyó en el videojuego Madden 2004.

A finales de 2005, Geffen finalmente accedió a permitir que la banda lanzara el álbum en otro sello de Universal, Universal Music Enterprises (su división de catálogo). El 4 de mayo de 2006, comenzó a aparecer información en los sitios web de tiendas de música y en los calendarios de lanzamientos sobre un próximo lanzamiento de la banda. La banda también dio a conocer información sobre un DVD ese mismo día. El 30 de mayo de 2006, el nuevo álbum, Up in the Attic, se lanzó digitalmente en iTunes. El primer sencillo fue «Forgive and Forget», la única canción que se agregó a 3rd Draft.

En abril de 2006, el bajista Tye Zamora dejó la banda y decidió ir a la universidad. Fue reemplazado por Alex Barreto (exmiembro de las bandas de hardcore Chain of Strength, Hardstance e Inside Out). El 29 de junio de 2006, la banda se presentó en el programa Attack of the Show de G4, y el 18 de julio de 2006 se lanzó a nivel mundial Up In The Attic, junto con BUSted: The Definitive DVD. El DVD incluía los videos musicales de «Forgive and Forget», «Around the Block» y «She's Only Evil». Cabe destacar que en los tres videos solo aparecen Dryden Mitchell y Mike Cosgrove.

Desde el lanzamiento de Up in the Attic en julio de 2006, han pasado muy pocas cosas. Su sitio web permaneció sin actualizaciones desde noviembre de 2006 hasta abril de 2007; la actualización promocionaba el sitio web Alien Ant Fans, creado por Bartek, un fan polaco de larga data.

La banda lanzó «Around the Block», el segundo sencillo de Up in the Attic, en la tienda de iTunes en 2007. El 11 de febrero de 2008, la banda publicó un comunicado en su sitio web en el que anunciaba que todos los miembros originales de la banda se habían reunido. También se reveló que la banda se había «separado extraoficialmente» en 2007 debido a que Up in the Attic, de 2006, había sido su álbum menos exitoso.

Por esa época, el vocalista Dryden Mitchell formó una nueva banda, Send the Sages. El guitarrista Terry Corso y el baterista Michael Cosgrove trabajaron en un proyecto paralelo titulado Ghost In The Flesh, mientras que el bajista Tye Zamora colaboró con la banda eEnik. Alien Ant Farm realizó giras de manera esporádica y lanzó un nuevo álbum en vivo, Alien Ant Farm: Live In Germany.

En 2009, tocaron en el Festival Sonisphere en Knebworth, Reino Unido, el 1 de agosto. También habían interpretado «Smooth Criminal» en el Vans Warped Tour de 2009 en memoria de Michael Jackson, quien había fallecido recientemente. El 9 de febrero de 2010, Alien Ant Farm publicó en su sitio web oficial que la formación original (Dryden Mitchell, Terry Corso, Tye Zamora y Mike Cosgrove) se había reunido por primera vez desde 2003. El 27 de febrero de 2010, el sitio web oficial de Alien Ant Farm lanzó el primer «webizode» de la banda, titulado Bassmasters.

La gira «ANTicipation» 2011 de la banda se llevó a cabo en todo el territorio continental de EE. UU. de julio a octubre de 2011. También participaron en el «Michael Forever Tribute Concert», que se llevó a cabo el 8 de octubre de 2011 en Cardiff, Gales. Alien Ant Farm comenzó a componer material nuevo y, en julio de 2012, inició la grabación de su quinto álbum, Always and Forever, en los Groovemaster Studios de Chicago. En marzo de 2013 lanzaron una campaña de financiamiento colectivo a través de PledgeMusic para financiar el lanzamiento del álbum. El primer sencillo de Always and Forever, «Let 'Em Know», salió a la venta en mayo de 2013. También en el verano de 2013, Alien Ant Farm participó en la gira «The Big Night Out Tour», como teloneros de Hoobastank y Fuel.

Zamora dejó la banda por segunda vez en marzo de 2014 y fue reemplazado por Tim Peugh. Al mismo tiempo, Michael Anaya se unió como miembro de gira de la banda, encargándose de los coros, la percusión y los teclados. En septiembre de 2014 se lanzó otro sencillo, «Homage», seguido un mes después por el EP «Phone Home». El álbum «Always and Forever» salió a la venta el 24 de febrero de 2015. El 31 de marzo de 2016, Alien Ant Farm anunció en su página oficial de Facebook que estaban componiendo material para un nuevo álbum. El 17 de mayo de 2016, la banda participó en la supergira «Make America Rock Again» durante el verano y el otoño de 2016. Además, anunciaron una gira como cabeza de cartel en la que tienen la intención de interpretar el álbum «Anthology» en su totalidad.

El 26 de octubre de 2016, el guitarrista Terry Corso agredió a un fan durante un concierto en Chester porque creyó erróneamente que el fan le había arrojado orina. Corso se declaró culpable de agresión y se le ordenó pagar una multa a la víctima. A principios de 2018, realizaron una gira por el Reino Unido con Soil y Local H, y luego se embarcaron en la gira «Gen-X Tour», junto a Buckcherry, P.O.D. y Lit. El 8 de mayo de 2020, lanzaron una versión de la canción de Wham! «Everything She Wants». El 17 de febrero de 2021, colaboraron con Insane Clown Posse en el sencillo «Afraid of Life», del EP Yum Yum’s Lure.

El 30 de diciembre de 2022, Dryden Mitchell fue acusado de agresión tras un incidente ocurrido durante el concierto de Alien Ant Farm en el Broward Center for the Performing Arts de Fort Lauderdale el 29 de octubre. Se alega que Mitchell agarró la mano de un espectador y la obligó a tocar su «zona genital». En 2023, la banda tocó en Sick New World y en la 23.ª edición anual de Gathering of the Juggalos. Su sexto álbum, titulado Mantras, salió a la venta el 26 de abril de 2024. El primer sencillo del álbum, «So Cold», salió el 19 de enero. En noviembre de 2024, Alien Ant Farm expulsó a CKY de su gira conjunta por Europa porque el cantante de CKY, Chad I Ginsburg, supuestamente le dio un puñetazo en la cara a Dryden Mitchell.

En 2025, la banda volvió a acaparar la atención de los medios de comunicación cuando se anunció la banda sonora completa de Tony Hawk’s Pro Skater 3 + 4, lo que llevó a la banda a escribir un emoji de cara triste en la publicación de Instagram donde se anunciaba la banda sonora del juego; esto se debió a que no se les había pedido a la banda que volviera a otorgar la licencia de «Wish» para el entonces próximo remake de los juegos. Esta decisión fue criticada por la banda y los fans, quienes consideraban que «Wish» debería haber sido incluida en la banda sonora de los juegos.